1、感染根腐病的田块需与非寄主作物进行2-3年轮作，以降低土壤带菌量，减少桔梗感染根腐病的几率。并选择抗病性强的优质品种栽培，种前用消毒剂进行脱毒处理，可有效减少田间根腐病病菌初侵染源。
2、加强植株生长期栽培管理，精耕细作、合理灌水。以喷灌为主，有条件的地方滴灌效果更佳，雨后及时排水，避免田间积水残留，减少病菌滋生的有利环境。桔梗根茎易遭受地下害虫危害而形成伤口，为病菌侵入形成途径，需加强地下害虫的防治工作，减少病菌侵染。
3、发现病株及时拔除烧毁，并喷施针对性药剂进行防控，配合药材根大灵混合使用，以提升植物吸水吸肥力度，使桔梗主根更粗壮，须根旺盛，高产优质。