石榴树生发能力比较强，一年会几次长出新枝，需要按照一定的规则修剪新芽，不及时修剪新芽将会对后期开花结果造成影响。一般来说，对于主干上的芽尖需要摘除，除非是造型上需要主干生长。
侧枝同样需要打顶，当侧枝过长时，枝条会挂不住果，轻则折断枝条，重则导致整个植株倾覆，而且容易徒长。一般来说，侧枝长到6cm~8cm长的时候就可以打顶了，将侧枝枝头的叶芽给摘除。
盆栽石榴的叶子也需要修剪，日常养护中发现有病叶、枯叶、虫叶、黑叶需要及时剪除。对于生长良好的植株，需要适当疏叶，修剪过密的叶子，剪掉向内生长的，畸形的，重叠的，徒长的有害叶子。
盆栽石榴并非叶子越多越好。过密过厚的叶子不仅会消耗过多的营养，影响果实的营养来源，还会影响植株微环境的通风透气性，并且相互遮挡光照，降低盆栽石榴植株的光照利用率，需要修剪。