石斛组培苗的栽培，病虫害的防治是一项重要工作，病虫害防治应遵循预防为主，综合防治的原则。无论是病害还是虫害，平常要注意观查，一经发现病虫害症状，应立即采取措施处理，不能延误。在用药时，要对症下药，按照使用主法要求按量使用，每星期用药1次，连续用药2～3次后，观查效果后再正确处理。石斛采收前2个月禁止用药，经常发生的虫害有：
1、蜗牛、蛞蝓
均偏嗜含水量多、幼稚的部位，被害植株形成不规则的缺核和孔洞，爬过的地方有白色的粘液带。防治方法有：⑴少量发生时，在清晨查看，发现时用手将其捏死。⑵在种植区域周边撒施生石灰，形成隔离带。⑶药物防治：可选用梅塔均匀撒施，每平米种植面积撒施30～40粒；除蜗净3号300～500们液喷施。施药时间均在傍晚、凌晨、阴天为好，施药后如遇雨要重施。
2、斜纹夜蛾，蝶蛾类夜蛾科
主要以咀嚼式口器危害幼嫩的叶和茎，被危的叶片成缺，新芽与幼茎啃断或成缺口。防治方法有：⑴大棚四周安装防虫网，杜绝蛾类飞进棚内产卵；⑵少数发生时，可于晚上人工捕杀；⑶大面积危害时，可选用高效低毒的阿维菌素4000～6000倍液、乐斯本1500倍液在傍晚混合喷施于叶面。
3、蚜虫
主要危害新芽和叶片，5～6月份是蚜虫为害严重期。当嫩芽出现蚜虫时可选用克蚜敏600倍喷洒，5天一次，连续三次即可消灭。
4、小飞虫、硬甲壳虫
主要危害茎、叶，将其啃咬成缺口。防治方法：少量发生是时，在棚内挂粘蝇纸人工捕杀。大面积发生时可用高效低毒的阿维菌素4000倍，速灭杀丁3000倍喷雾。