加强栽培管理措施，适当浇水施肥，定期进行轮作，经常清除枯叶、病株残体，减少病菌的来源。盆栽花菖蒲的病虫害较少，地栽苗相对要多一些。地栽的生长快，自身繁殖也快，因此要及时分株以确保通风透气，减少病虫害的发生。地栽花菖蒲的病虫害主要以预防为主，春季每7至10天打一次药，开花期要尽量少打药。其主要病虫害有叶斑病、锈病、卷叶蛾、蚜虫等，可用新高脂膜800倍喷雾防治。
盆栽花菖蒲要薄肥勤施，如果肥水过浓，会出现烧根而严重影响其生长。地栽苗管理可以粗放一些，水位最好保持根部以上10厘米左右，不能浸没整个植株。施肥主要是在春季和花后进行，一般秋季穴施有机肥，每亩施用50公斤至80公斤，分两次完成。春季追肥一两次，以复合肥为好，一般每亩施用40公斤。若不移植，则在开花后适当施少量肥。可喷施花朵壮蒂灵可促使花蕾强壮、花瓣肥大、花色艳丽、花香浓郁、花期延长。可促使花蕾强壮、花瓣肥大、花色艳丽、花香浓郁、花期延长。
冬季及时将枯萎叶剪除，可减少病虫害发生，第二年能更好地长出新叶。当花菖蒲叶尖开始枯萎时，先不要将叶片全部剪掉，因为其叶片在枯萎时养分会缓慢转入地下部分，所以为了争取养分，在叶子还有绿色部分时，暂时先不要剪。当其完全枯萎后，可以把整片叶子剪掉。修剪完枝干之后，须用愈伤防腐膜封合伤口。