1、根腐病
病菌在土壤中越冬，并可存活5-6年。在苗床内传播主要是带菌的土壤、肥料、农具和浇水等。病菌从幼苗伤口侵入。再借风、浇水传播。高温、高湿是此病发生、流行的关键。苗床连茬、地面积水、施用未腐熟的肥料、地下害虫多、农事活动造成根部伤口多的地块发病较重。
防治方法：
用72.2%普力克水剂400-600倍液浇灌苗床(每平方米用药液量2-3公斤)；或在移栽前用72.2%普力克水剂400-600倍液浸苗根，也可于移栽后用72.2%普力克水剂400-600倍液灌根。
2、灰霉病
最适宜的温度20-25℃，相对湿度90%以上。先从花序发病，后为害果实、茎秆、灰色毛层低温、高湿是发病的主要条件，湿度是发病的关键。植株种植过密、通风不畅、连阴天多、光照不足、放风不及时、湿度大，病害发生严重。
防治方法：
（1）控制温度、勤放风。（2）湿度的调控：晴天中午高温短期放风阴天早晨放风半小时排雾。西红柿蘸花时加0.3%扑海因悬浮剂或可湿性粉剂，预防灰霉效果好。也可在花期喷洒施佳乐40%悬浮剂1000-1500倍液，或扑海因1500倍。
3、早疫病
病菌发育适宜温度26-28℃，侵染快、潜育期短。病菌以菌丝体和分生孢子附着在病残体上或种子上越冬。高温、高湿、田间结露利于发病。发病多从植株下部老叶开始，渐向上发展。昼夜温差大、连续阴雨、通风排水不良、植株生长衰败等，是该病发生、流行的主要原因。
防治方法：
常用药剂有施佳乐40%悬浮剂1000-1500倍液，或者50%扑海因悬浮剂或可湿性粉剂1000倍液均匀喷雾。
4、晚疫病
发病的适宜温度为18-22℃。叶片边缘油烂、黑秆、果硬。低温、高湿是该病发生、流行的主要条件。大棚种植过密、温差大、阴雨天多、光照弱、大水漫灌、放风不及时等，均有利此病的发生和流行。
防治方法：
（1）控制温度、勤放风。（2）湿度的调控：晴天中午高温短期放风，阴天早晨放风半小时排雾。当田间发现中心病株时，要及时喷药防治。喷药后闭棚增温，可提高防治效果。使用68.75%银法利悬浮剂50-75毫升/亩均匀喷雾，可以达到保护和治疗的双重效果。
5、病毒病
主要以花叶症状和条斑症状为主。(顶部叶与激素中毒相似)。花叶病毒病：叶片皱缩、黄绿相间；厥叶病毒病：叶片细长、叶脉变形、线状；卷叶病毒病：叶片扭曲、向内弯曲(区别于生理性全株卷叶)；条斑型病毒病：果实表面出现青皮，逐渐形成铁锈色，不着红，用刀剖开果实，皮里肉外有褐色条纹。高温干旱、养分不足、土壤板结等有利病毒病的发生。
防治方法：
每亩用艾美乐70%水分散粒剂3-4克对水30-45公斤喷雾，防治蚜虫或者白粉虱等刺吸式口器害虫，以便切断昆虫传播的途径，达到防治病毒病的目的。也可在感染病毒病后，喷施植病灵1000倍液或病毒清于发病初期喷酒，以减轻毒害的为害程度。
6、叶霉病
病源属半知菌亚门真菌。为害叶片，灰绿色毛。低温、高湿是该病发生、流行的主要条件。气温20-25℃，相对湿度90%以上，病菌繁殖迅速，病情发生严重。湿度是其发生、流行的主要因素。种植过密、多年重茬、放风不及时、大水漫灌、湿度过大等都有利于该病发生。
防治方法：
控制浇小水、勤浇，勤放风，控制大棚湿度，多施有机肥、生物肥，特别冬季少施化学肥料。发病初期选用好力克43%悬浮剂3000倍液，或50%扑海因悬浮剂或可湿性粉剂1000倍液均匀喷雾。