1、甜玉米籽粒瘦秕，顶土能力差，幼苗弱小。
2、甜玉米籽粒乳熟期含糖量最高，适宜采收期短，普通甜玉米以授粉后20天左右即乳熟期糖分含量最高，以后则迅速下降。甜玉米收获鲜穗嫩粒，适宜采收期应特别注意，应于籽粒含糖量最高时采收。
3、甜玉米串粉后含糖量降低，同类型的甜玉米花粉授粉才能保持籽粒高的含糖量。假如与普通玉米串了粉，当季籽粒糖分含量立即下降，商品价值降低。
4、病虫害重。甜玉米植株糖分含量高，易招害虫为害。并且与其它类型玉米比较最易感穗粒腐病。
