1、疫霉根腐病
发病初茎基或根部产生褐斑，逐渐扩大后凹陷，严重时病斑绕茎基部或根部一周，致顶部茎叶萎蔫，进而全株萎蔫。拔除病株可见细根腐烂，粗根褐变。剖开病根茎，可见从根颈部向上有一段维管束发生褐变，后根茎腐烂，不长新根，植株枯萎而死。该病多见于管理失误造成，如定植后地温低，土壤湿度过高，且持续时间长，或遇连阴天不能及时放风，形成高温高湿条件，尤其是大水漫灌后都会导致该病的发生和流行。
2、茎基腐病
真菌性病害。仅为害茎基部。发病初期茎基部皮层生有淡褐色及黑褐色斑点，能绕茎基部一圈，致皮层腐烂，后期病部表面常形成黑褐色大小不一的菌核，别于早疫病。剖开病茎基部，可见木质部变为暗褐色。病株叶片变黄、萎蔫，后期叶片为黄褐色并枯死且残留在枝上不脱落。拔出病株，根系并不腐烂。发病后可在茎基部施用恶霉灵加萘乙酸药土，在病株基部覆堆，把病部埋上，促其在病斑上方长出不定根，可延缓寿命，争取产量。
3、枯萎病
发病初期，中下部叶片在中午前后萎蔫，而早晚可恢复，以后萎蔫加重，叶片自下而上变黄，根软腐最后枯死。茎基部近地面处呈水渍状，高湿时会产生粉红色或蓝绿色霉状物。剖开病基部，可见维管束变褐。本病病程进展较慢，一般15-30天才枯死，无乳白色黏液流出，别于番茄青枯病。发病初期可喷洒78%科博可湿性粉剂600倍液或50%混杀硫悬浮剂500倍液，10天左右一次。
4、番茄溃疡病(细菌性髓部坏死病)
成株染病，病菌在韧皮部及髓部迅速扩展，初期下部叶片凋萎或卷缩，似缺水状，一侧或部分小叶凋萎；茎内部变褐，并向上下发展，后期产生长短不一的空腔，最后下陷或开裂，茎略变粗，生出许多不定根。湿度大时菌脓从病茎或叶柄中溢出或附在其上，形成白色污状物，最后全株枯死，上部顶叶呈青枯状。果实上形成独特的“鸟眼斑”。溃疡病发病初期，可用15%赛博可湿性粉剂800-1000液喷雾，9-12天喷一次。
5、根结线虫为害
该病主要为害番茄根部，使根部多出现种大畸形，呈鸡爪状。剖开根结或肿大根体，在病体里可见乳白色或淡黄色雌虫体。植株地上部表现为：发育不良、叶片黄化、植株矮小，其结果较少且小，产量低，果实品质差。干旱时，得病植株易萎蔫，直至整枝枯死，损失严重。根结线虫的防治只有利用闲棚时节进行焖棚，如用溴灭泰、石灰氮等方法比较彻底，防效可达一季；如果已经定植后的蔬菜感染了根线虫，可用阿维菌素加丰收一号或沃尔沃等来控制根线虫，维持蔬菜正常生长。