一、低温保鲜法
实践证明，低温可以保持蘑菇的新鲜和优良品质。方法是：蘑菇采收后，其湿度90-95%，此时将蘑菇贮存在0-3℃的温度条件下即可达到保鲜的目的。值得注意的是蘑菇在保鲜期间，应保持温度和湿度的相对稳定，不宜多变或骤变。
二、速冻保鲜法
在100℃的沸水中添加0.3%的柠檬酸（体积比质量比均可），而后每100公斤沸水1次投入15公斤鲜菇，烫煮90-150秒，并随时搅动使菇体受热均匀，待菇体表面呈淡黄色，具有弹性和光泽熟而不烂时捞出。烫煮后的鲜菇要及时用10-20℃的冷水冲淋，再移入3-5℃的流动冷水池中继续降温，降温后送至冷藏库贮存。如果冷藏库的温度保持在-18℃以下，则可长时间保持双孢蘑菇原有的品质和风味。
三、气调保鲜法
在室温条件下，采用有透气性的塑料袋包装，袋内氧气控制在1%左右，二氧化碳控制10-15%，可使双孢蘑菇一周色泽新鲜，品质上佳。值得注意的是，此法只适用于少量临时贮藏，不可大量藏贮，以防霉变造成损失。