虽是秋季，但番茄的枝杆生长能力仍很茂盛，剪掉侧枝（即打杈），可以减少养分的消耗，而增加番茄产量。整枝打杈主要有两种方法：单枝整枝法和一干半整枝法。
一是单枝整枝法：单枝整枝法是目前番茄生产上普遍采用的一种整枝方法；单枝整枝每株只留一个主干，把所有侧枝都陆续摘除，主干也在达到预定果穗数时摘心。注意事项：打杈不宜从基部掰掉，最好使用剪刀或刀片剪（切）除，以防损伤主干，也可以留一叶打杈，这样还可增加植株叶片数，促进生长发育，特别是靠近叶片的果实生长发育，但是多一叶就多一侧枝，增加了用工量。最后，摘心时一般在最后一穗果的上部留2-3片叶，不宜靠近果摘心，果穗上部如不留叶片，则这一果穗的生长发育将受到很大影响，甚至落花落果或果实发育不良、产量、品质显著下降。