一、疫病
症状：由真菌感染而引起的病害。危害叶、茎、果实，病叶呈暗褐色圆斑，边黄绿色；病茎有水浸斑，后扩展成黑褐色条斑，茎、枝病部易缢缩折倒；病果蒂部有水浸暗绿斑，潮湿时长出白霉，呈褐色腐烂，干燥后成褐色僵果。
发病原因：1、连作发病重。2、高温高湿。
防治方法：1、与十字花科、豆科蔬菜轮作。2、选用抗病种子，并用无病的新土育苗。3、加强田间管理，多施农家肥，实行配方施肥，注意排水，发现病株及时拔除。4、发病初期用杀毒矾、甲霜灵锰锌、代森锰锌、雷多米尔等防治。隔5—7天喷一次，连续用药2—3次。
二、病毒病
症状：由病毒感染引起的病害。有花叶、黄化、坏死和畸形。黄化：病叶明显变黄，出现落叶现象；坏死：病株部份组织变褐坏死，表现为条斑、顶枯、坏死斑。畸形：病株变形，叶片变为线状、蕨状，病株矮小，易落花、分枝多呈丛枝状。
发病原因：主要前期危害，蚜虫传播、定植晚、连作地、低洼地及缺肥地易发生。
防治方法：1、及时防治病虫害；2、注意轮作换茬，控制大棚内温湿度。3、发现病株及时拔除，集中烧毁，并于病穴撒施石灰。4：种子用10%磷酸三钠浸种20—30分钟。5、用毒硝、病毒灵、病毒必克防治。
三、根腐病
症状：由真菌感染引起的土传性病害。发病初期植株顶部枝叶萎蔫,傍晚至次日早晨恢复,症状反复数日后,叶片萎蔫,但叶片仍呈绿色,病株的根颈部及根部皮层呈淡褐色至深褐色腐烂,植株随着枯萎死亡。
发病原因：1、雨水灌溉和病株传播蔓延。2、高温高湿连作地，低洼地利于发病。
防治方法：1、轮作换茬5年以上。2、科学管理，防止积水。3、发现病株及时拔出，然后用土拌生石灰掩埋辣椒附近。4、发病前用多菌灵、多硫悬浮剂、达科宁、甲基托布津，隔7—10天对水灌根，连续灌2—3次。
四、青枯病
症状：由细菌感染而引起的病害。苗期不表现症状，座果初期开始发病，最初病株在中午萎蔫，傍晚以后恢复正常；在气温高和土壤干旱时，2—3天后全株凋萎不在恢复正常而死亡。但植株仍保持青色。
发病原因：1、高温高湿，土壤连作带菌是发病的主要条件。2、排水不利、钾肥不足、高温高湿的环境发病严重。
防治方法：1、选用抗病品种。2、改良土壤、增施钾肥、轮作轮茬。3、降低湿度、禁止大水灌溉、提倡穴灌。及时清理病株，且在病穴四周撒少量生石灰。4、调节土壤酸碱度，结合整地施生石灰。5、进入座果期用可杀得、农用链霉素、硫酸链霉素防治。
五、辣椒灰霉病
症状：由真菌感染引起的病害。苗期和成株期都能发病，病菌可危及植株叶片、茎、花、果实，以挂果期受害最重，在幼茎茎部产生水渍状病斑，病部密生灰色霉层,可以散出灰色粉末物质,病菌极易倒伏和枯死。
发病原因：1、低温高湿环境。2、地势低洼潮湿，光照不足，氮肥施用过多，植株定植密度大，大水浸灌。2、末及时整枝、打顶、中耕，除草。
防治方法：1、控制湿度，合理密植，育苗期和定植期要适当控水，开花后需大量浇水时应在上午露水干时进行.浇水后要及时放风排湿,降低棚内湿度,减少叶面结露.。2、及时摘除病果、减少病菌传播。3、重点抓住辣椒移植前、开花期和果实膨大期三个关键时期用药，移植前用速克灵可湿性粉剂1500倍液或50%的多菌灵可湿性粉剂500倍喷淋幼苗，幼果形成后喷一次50%的速克灵可湿性粉剂1500倍液、或50%的农利灵800倍液、扑海因800倍液防治。