(1)百合疫病：是百合常见的病害之一，多雨年份发生重，造成茎叶腐败严重影响鳞茎产量。病菌可侵害茎叶、花和鳞片。茎基部被害后盛水渍状缢缩，导致全株迅速枯萎死亡。叶片发病，病斑水渍状，淡褐色，呈不规则大斑。发病严重时，花、花梗和鳞片均可被害，造成病部变色腐败。
防治方法：①实行轮作；②选择排水良好土壤疏松的地块栽培或采用高厢深沟或超垄栽培，要求畦面要平，以利水系排除；③种前种球用1：500的福美双或用40％的甲醛加护树将军浸种15分钟；④加强田间管理，注意开沟排水；采用配方施肥技术，适当增施磷钾肥料，提高抗病力，使幼苗生长健壮；⑤出苗前喷1∶2∶200波尔多液一次，出苗后喷护树大将军800倍液2—3次，保护幼苗；发病初期喷洒40％三乙磷酸铝可湿性粉剂250倍液或58％甲霜灵、锰锌可湿性粉剂，64％杀毒矾可湿性粉剂500倍液，72％杜邦克露可湿性粉剂800倍液。发病后及时拔除病株，集中烧毁或深埋，病区用50％石灰乳处理。
(2)病毒病：受害植株表现为叶片变黄或发生黄色斑点、黄色条斑，急性落叶，植株生长不良，发生萎缩。花蕾萎黄不能开放，严重者
植株枯萎死亡。防治方法：①选育抗病品种或无病鳞茎繁殖，有条件的应设立无病留种地，发现病株及时清除；②加强田间管理，适当增施磷肥、钾肥，使植株生长健壮，增强抗病能力；生长期及时喷洒10％吡虫可湿性粉剂1500倍液或50％抗蚜威超微可湿粉剂2000倍液，挖制传毒蚜虫，减少病虫传播蔓延。③发病初期喷洒20％毒克星可湿性粉剂500—600倍液或0.5％抗毒剂1号水剂500倍液，隔7—10天喷1次，连喷3次
(3)防治灰霉病：①选用健康无病鳞茎进行繁殖，田间或温室要通风透光，避免栽植过密，促植株健壮，增加抗病力。②冬季或收获后及时清除病残株并烧毁，及时摘除病叶，清除病花，以减少菌源。③发病初期开始喷洒30％碱式硫酸铜悬浮剂400倍液或植物细胞免疫因子，60％防霉宝2号水溶性粉剂700—800倍液，50％速克灵可湿性粉剂2000倍液，50％扑海因可湿性粉剂1000—1500倍液。为防止抗药性，应提倡合理轮换交替使用，采收前3天停止用药。
（4）3防治细菌性软腐病：①选择排水良好的地块种植百合。②必要时喷洒30％绿得宝悬浮剂400倍液或47％加瑞农可湿性粉剂800倍液，72％农用硫酸链霉素可溶性粉剂4000倍液。
（5）防治基腐病：1）可施用腐熟的有机肥，以抑制土壤中有害微生物。2）合理轮作。3）及时清除病株。4）保持通风，避免高湿和过热。5）种球消毒，用40％福尔马林120倍液浸种35小时，防效明显。6）喷洒36％甲基硫菌灵悬浮剂500倍液或58％甲霜灵、锰锌可湿性粉剂500倍液或60％防霉宝2号水溶液粉剂800—1000倍液。