“水稻旱育稀植技术”是水稻生产上的一项投入少、产出多的先进适用技术。苗期管理的目的在于培育出适龄的旱育壮秧，为大田移栽提供易成活、产量高的优质基本苗。壮秧的基本标准是无病、矮壮墩实，茎粗、秧茎扁平富有弹性，叶色绿中透黄；秧苗干物重和充实度高，插秧后具有很强的发根力，在较低温度下也能正常生长；叶片成披针形，不下垂。因此，苗期病害防治尤为重要。
苗期主要病害：
水稻恶苗病。是旱育秧过程中最普通最常见的一种病害，属于一种真菌性病害，又称为徒长病或白杆病。旱育秧从苗期开始直到成熟都可能发生恶苗病。秧苗期的发病占总发病率的10%左右，一般是2-4叶期就表现症状。
立枯病。立枯病是水稻旱育秧生产中最常见的一种病害，也是导致旱秧死苗的主要病害，在整个育苗过程中都有可能发生。发病在立针至1.5叶期间，被害病株叶片蜷缩如针状，用手拔病苗，从茎基部断裂，根色逐渐变黄最终腐烂；幼苗的叶片、叶鞘比正常苗短，叶片自下而上，从叶尖向基部逐渐由浓绿变成灰绿，进而枯黄致死，根灰白色，似水烫状。
苗瘟。秧苗在3叶期以前发生瘟病称为苗瘟。主要由种子带菌引起，一般发生在稻株2-3叶期。育苗期的症状一般不形成明显病斑，开始在幼苗基部和芽鞘上出现水渍状斑点，以后病苗基部变灰黑色，似火烧状，上部变褐，卷缩枯死，湿度大时病部基部产生大量的灰色霉层。育苗期突遇阴天连绵，田间湿度太大，加上管理粗放就可能导致旱秧苗瘟的发生。
防治方法。1、恶苗病防治。1）杜绝选用病区病田稻种，严格进行种子消毒。2）选用抗病品种，减轻病害。3）禁止在发病的秧田育秧。4）掌握好浸种催芽同步技术。催短芽（露白）播种。5）加强育苗管理。播种后加强盖膜期间温度调节，缩短苗床盖膜时间。6）及时拔除病株、病苗。
2、立枯病防治。一是通过栽培措施，培育壮秧，提高其抗病能力。二是播前每亩苗床用1.5㎏敌克松，配制成600倍的药液喷洒床面，进行土壤消毒。三是揭膜后结合补水和防病防虫，进行一次敌克松或恶霉灵消毒处理，防效较理想。
3、苗瘟病防治。首先是坚持种子消毒处理。用30%的克瘟散乳油1000倍液浸种1h后进行播种，可有效防治苗瘟病的发生，压低菌源量。其次是进行苗床土壤消毒。在揭膜时药剂防治一次，掌握水稻易感病的第一个时期即3叶期，选用三环唑防治。