一、白天需覆盖遮阳网，并注意加强通风。晴天的中午仍需在棚顶覆盖遮阳网，防幼苗被强光灼伤。同时注意加强通风，控制好棚内的温度，严防高温危害。一般茄果类蔬菜育苗期棚内的温度白天应控制在30℃左右，瓜类蔬菜育苗期棚内的温度白天应控制在32℃，当棚内温度超过35℃时应加大通风力度。
二、大棚夜间注意保温，避免幼苗受低温冷害。注意在傍晚关严大棚通风口，以防幼苗夜间遭遇冷风侵袭，生长不良。茄果类蔬菜育苗期棚内的温度夜间应控制在16℃，瓜类蔬菜育苗期棚内的温度夜间应控制在12～18℃，低于此标准应及时采取保温措施。
三、阴雨天注意加强管理。
1、在阴雨天里，对处于育苗期的蔬菜应加强通风，尽量避免浇水和喷药，必须用药时应选用粉尘剂，以免增加棚内湿度，诱发病害。
2、棚内要保持充足的光照。
3、久阴暴晴后应及时用遮阳网遮阳，以防蔬菜“闪苗”。
4、下雨时应关严棚顶的通风口，以防雨水进入，导致蔬菜感染病害。
四、注意苗期的管理。出苗后适时匀苗1～2次，除去病苗、弱苗，使苗不致拥挤徒长。苗期浇水不宜多，保持土壤湿润。秋季浇水应在早晚土凉时进行。
五、加强苗期病虫害防治。秋季育苗病虫害多，应注意喷药防治。苗期病害防治：猝倒病、立枯病可选用禾果利（12.5%烯唑醇）每亩16克对水30公斤喷雾防治；灰霉病从苗期预防，可选用百菌清、杀毒矾和速克灵防治。苗期虫害防治：可选用吡虫啉，预防蚜虫；地下害虫蝼蛄，可用杀虫剂拌制饵料毒杀。