影响玉米丝黑穗病发病的因素主要是：病菌以落入土中，混入粪肥或被种子携带的一种能够抵抗不良环境的特种孢子――厚垣孢子越冬，翌年在适宜的条件下，厚垣孢子萌发并通过芽鞘侵入寄主幼苗。入侵后，菌丝进入植株生长点，随植株生长，蔓延至果穗和天花，形成孢子堆,成熟后又散出孢子,完成其1年1次的侵染循环,无再侵染产生。
土壤和粪肥的带菌量以及土壤的温湿度条件是影响本病发生的最重要因素。土壤温度较低并且比较干燥时，玉米出苗迟缓，增加了病菌侵染的机会，发病率高，有利于丝黑穗病的流行。反之地温高、出苗快，发病则轻。因此，在冷凉山区，丝黑穗病发生就重。据试验，本病菌在土壤中可存活3年以后，倒茬3年可有效地防治本病。