芹菜的病害较轻，采种芹菜比较常见的病害有两种，一是斑点病，二是根软腐病。
芹菜斑点病：又称早疫病，7～8月份主要在叶片上发生，但严重时也能侵害叶柄。初期在叶片上出现黄绿色水浸状斑点，后期逐渐变成淡褐色以至褐色，边缘带有黄色的圆形病斑。这种病斑逐渐扩大后受叶脉所限而出现角形，病斑的背面生长灰白色粉状的病原分生孢子，由空气传播。其防治方法是在发病初期及时喷打退菌特800倍液或1000倍液的硫酸铜液。
芹菜根腐病：多发后生于贮藏的老根。为害部位呈水浸状，腐烂流出淡灰色的粘质汁液。发生在园地时，先在贴地的叶柄茎部出现暗褐色的纺锤形病斑，逐渐扩大而成发软、腐烂。因软腐病菌残留在土壤中，而且除侵害芹菜外，还侵害白菜、萝卜及其它根菜类。因此，要避免在发生此病的园地栽植采种，要实行2～3年的轮作。对贮藏的老根，在挖掘时防止受伤，要及时挑出有病的老根。