大扁杏树因其耐寒、耐旱，大多数栽植在贫脊的坡地上，又因其根系强大，遍布全园，故而耕翻困难，加上植树时整地标准不高，往往造成土壤板结，通透性差，易发生土传病害（如根腐病）、施肥困难、中耕费力等现象，迫切需要进行培肥调理。
施肥时期大扁杏幼龄树一年只追一次肥，时间在发芽前后；初果期树一年可追二次肥，一次在发芽前，一次在硬核期之前；盛果期一年应施三次肥，一次在开花前７—１０天，一次在硬核期前，另一次在采收后到封冻前。此外结合防治病虫害叶面喷肥２—３次。
施肥方法：（１）环状沟施肥：即在树冠的外缘，向下挖深４０—６０ｃｍ（施基肥）或３０—４０ｃｍ（施追肥）、宽３０—５０ｃｍ的环状沟，在沟内施入肥料。（２）放射沟状施肥：即大扁杏树主干１米以外的四周，挖４—６条深达３０—５０ｃｍ的放射沟，沟长要超过树冠外缘呈里浅外深、内窄外宽，沟内按量施入肥料，沟的位置应逐年轮换。（３）条沟施肥：即在大扁杏树行间或株间、树冠外缘下开直条沟，施入肥料。根据肥料的多少，可一次性四边开沟施肥，也可逐年轮换行间或株间的条沟位置。沟的深浅、宽窄同环状沟。（４）全园施肥：盛果期扁杏园里的树，在由于树冠大、枝相互交错或空间不宜挖沟操作时，可将肥料均匀撒入全园地面，然后翻耕至２０ｃｍ以下的土层内，此时，由于地下根系已布满全园，全园施肥更能满足树体生长的需要。