食用菌制种，系指用人工方法培养食用菌纯菌丝，它相当于农作物的种苗，没有菌种，无法进行人工栽培，如果菌种不良，也不能取得优质高产。因此，全面掌握制种技术，把好制种技术关，是整个食用菌生产的首要环节。
用孢子分离、组织分离、菌丝分离得到的纯菌丝转移到试管斜面的菌种，称为母种，也叫一级种。从试管母种扩大到广口瓶、罐头瓶，称为原种，也叫二级种。原种扩大培养称为栽培种，也叫三级种。平菇制种技术，一般普遍采用的固体菌种制种模式，分以上三级，各级菌种的制备，目的是扩大菌丝体，最后用于栽培。
1.母种制备
(1)培养基配方
①土豆200克，葡萄糖(或白糖、红糖)20克，磷酸二氢钾3克，硫酸镁1.5克，食母生或维生素B12～3次(压碎加入)，冻粉25克左右，水1000毫升。
②土豆200克，葡萄糖20克，麦粒水100毫升，磷酸二氢钾2克，硫酸镁1克，食母生或维生素B(2～3片)，冻粉25克左右，水1000毫升。
(2)制备方法土豆洗净去皮，切成小片，加入麸皮及水，煮开后维持半小时，用单层纱布过滤，补充水至1000毫升，加入其他药物及冻粉，煮至冻粉全部融化，用漏斗分装到试管，每支试管装至长度的1/5，塞上棉塞，用牛皮纸包扎。？18毫米18毫米规格的试管可装110支左右。
(3)灭菌、接种、培养
①灭菌1.1千克/平方厘米灭30分钟，等培养基不烫手时(约45℃左右)摆成斜面，斜面长度为试管长度的1/2左右，不得超过3/5。
②接种。无菌操作接种每支母种可扩接30支左右。
③培养25～27℃培养7～8天，菌丝长满培养基斜面，再培养1～2天，加大菌丝量，用于接原种。母种接种2天后，经常检查菌丝生长及杂菌污染情况。
2.原种制备
(1)培养基配方
①棉籽壳90克，麸皮10克，尿素0.2克，过磷酸钙1克，石灰2克，水140克左右。
②棉籽壳70克，玉米芯20克，麸皮10克，尿素0.2克，过磷酸钙1克，石灰2克，水150克左右。
③麦粒(或玉米粒)原种100克，碳酸钙(工业用的)或石膏粉2克。
(2)制备方法按配方将料称好，麸皮、玉米芯同棉籽壳先拌匀，其他辅料(尿素、磷肥等)加入水中搅匀，再加入棉籽壳中，充分拌匀，装瓶。0.5千克干料装罐头瓶4个，中间打一小洞到瓶底，以利通气，加速菌丝生长，用聚丙烯包扎瓶口和粒种制作时，要将麦粒洗净，浸泡一夜，煮开半小时，粒中间无白芯但不开花，沥去多余水分，加入碳酸钙或石膏粉拌匀，装瓶至1/2，最多不超过2/3。
(3)灭菌、接种、培养
①灭菌1.5千克/平方厘米高压灭菌1.5～2小时或常压灭菌7～8小时。
②接种无菌操作接种，每支母种可接5～6瓶。
③培养23～25℃左右培养25天左右，菌丝长满瓶，再培养2～3天，加大菌丝量，用于接栽培种。
3.栽培种制备
(1)培养基配方
①棉籽壳95克，麸皮5克，尿素0，2克，过磷酸钙1克，石灰2克，水140克。
②棉籽壳60克，玉米芯30克，麸皮10克，尿素0.3克，过磷酸钙1克，石灰2克，水150克。
(2)制备方法按配方称料，将麸皮、玉米芯与棉籽壳先拌匀，其他辅料加入水中搅匀，再加入棉籽壳中，充分拌匀后装入聚丙烯袋中，袋直径15厘米，厚410-2～510-2毫米，长30～33厘米，每袋装入干料约0.4千克，用绳将袋口扎好，也可用罐头瓶制栽培种。
(3)灭菌、接种、培养
①灭菌1.5千克/平方厘米高压灭菌2小时，或常压灭菌8～10小时。
②接种无菌操作接种，每瓶原种可接20袋左右栽培种。
③培养22℃培养25～30天，菌丝长满袋后，再培养2～3天，加大菌丝量，用于栽培。