（1）猝倒病、立枯病苗期主要病害。发病初期可用75%百菌清可湿性粉剂800倍液、70%百德富可湿性粉剂500～700倍液等防治。
（2）地下害虫（地老虎、蛴螬等）主要为害近地面的茎部，使整株死亡。防治方法有诱杀防治，通过黑光灯诱杀成虫。也可化学防治，地老虎1~3龄幼虫期抗药性差，且暴露在寄主植物或地面上，是药剂防治的适期，可用21%增效氰马乳油8000倍液、2.5%溴氰菊酯或20%氰戊菊酯3000倍液、10%溴马乳油2000倍液、90%敌百虫800倍液、50%辛硫磷800倍液喷雾防治。蚜虫在辣椒上是吸植物汁液，造成叶片卷缩变形，危害惨重。此外，它还传播病毒病，造成的危害更大，防治是用辟蚜雾、一遍净、吡虫啉等，喷叶背。