辣椒黑杆发瘟，主要由疫病引起。全国各地普遍发生，危害日趋严重。一般发病率20—30%，严重的50%以上，甚至造成毁灭性危害。
一、发病症状幼苗期染病，初为脱水状萎蔫，易脱叶，茎基部呈暗绿色水浸状软腐，易倒伏。成株期染病，前期不明显，当明显形成长3—5厘米或更长变成黑褐色长形斑时，病斑迅速扩展绕茎，病渐交界处明显，病斑略有凹陷或缢缩。叶尖或叶缘上产生近圆形似水浸过的大病斑，后整叶软腐，枯死；果实多从蒂部开始，水浸状暗绿色，迅速变褐软腐，后期失水干缩而不脱落，潮湿时可见稀疏灰白色的霉状物。
二、发生规律病菌随病残体在土壤中越冬，田间传播靠灌溉水携带进入土壤深层，叶果由风雨溅射、农事操作接触传染。发病适温25—30℃，湿度85%以上。田间一般于5月中旬前后开始发病，表现为明显的发病中心或中心病株，6月—7月上旬为流行高峰期。高温高湿，大雨过后天气转晴，重茬地，田间积水及大水漫灌，平畦栽培，辣椒徒长等，病害发生较重而迅速。防治不力，3—5天可使辣椒成片死亡。
三、防治方法1、实行轮作，一般实行2—3年轮作。2、选择抗病品种，如亚华205、亚华105等。种子用温汤浸种、1%硫酸铜浸种消毒，或72.2%普力克水剂600倍液，或20%甲基立枯磷乳油1000倍液浸种12小时，洗净后播种或催芽。3、无病土育苗，土壤消毒可用25%瑞毒霉或75%百菌清每平方米8克加10—15公斤细土拌匀，1/3垫苗床，2/3作盖土。培育适龄壮苗，适度蹲苗。4、施足底肥，每亩施腐熟优质厩肥3000公斤以上，过磷酸钙40—50公斤。采用深沟高畦，地膜覆盖栽培，灌水时注意浅水灌溉，高温期间宜在早、晚灌井水，雨后及时排水，封垄后适度控水，及时清除病株、病叶、病果。5、药剂防治。定植时或缓苗后，用72.2%普力克或64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液浇定植穴，每株浇250毫升。发病前喷1：1：200波尔多液，或58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂400—500倍液。田间发现中心病株后，及时清除病株、病枝，喷雾50%甲霜铜可湿性粉剂500—600倍液，60%DTM可湿性粉剂500倍液，77%可杀得可湿生粉剂500倍液，75%百菌清可湿性粉剂800倍液等，7—10天1次，连续2—3次，严重时每隔5天1次，连续3—4次。保护地栽培，除加强通风换气，还可用45%百菌清烟雾剂，每亩用250克，或用5%百菌清粉剂，每亩1公斤，每7—10天1次，连续2—3次。