菌种经接种时人为切割，菌丝受到损伤，生活力有所下降。为使菌丝尽快恢复生长，接种后把木段堆放在适宜条件下，使菌丝在木段中萌发、定植、繁生，这就是上堆发菌的目的。
①堆场的选择。堆场要选择在离村屯远，靠近水源的地方。特别要远离粪堆及垃圾场。堆场环境要干净，空气新鲜。背风向阳。
②堆放方法。堆积前，先在地面垫上石块，使耳木离开地面。然后将已接种的耳木按粗细长短，不同品种分开。以“井”字形堆积。堆高100厘米，耳木之间留5厘米空隙，以便通风换气。堆长以耳木多少而定。段木上堆后，四周和堆上面用塑料薄膜严密覆盖。
③发菌管理。经塑料布严密封盖的耳木堆，堆内温度保持20一28℃，空气相对湿度保持在80％左右。为保持堆内有一定的新鲜空气，晴天中午掀开四周薄膜通风换气，如温度过高，要掀开塑料薄膜通风降温。以免温度过高烧伤菌种。塑料薄膜覆盖的耳木堆，要特别注意及时通风换气。因为木耳菌是好气性真菌，在它的生活过程中吸收氧气，排出二氧化碳。所以及时通风换气，以满足菌丝发育的需要。
上堆7天后，要翻一次堆。将每堆耳木上下内外调换位置，使之发菌均匀。以后每隔7天翻堆一次。每次翻堆时，都要观察耳木的干湿程度，如湿度不够，每隔4―5天喷1次细水增湿，喷后树皮稍干再覆盖，以防杂菌感染。
一般翻堆3―4次后，菌丝已向木质部伸展，耳木上也会有少量耳芽出现，这时就可散堆排场。