为害黄瓜的真菌病害有霜霉病、灰霉病、白粉病、枯萎病、蔓枯病、疫病、炭疽病、菌核病等。其他主要病害还有细菌性角斑病、病毒病等。其综合防治措施是：
1、选用抗病品种（主要是抗白粉病、霜霉病、枯萎病）。
2、农业防治。与非瓜类蔬菜轮作2-3年（减少枯萎病、菌核病、蔓枯病传染机会）；实行与南瓜嫁接栽培，不仅可防治枯萎病、疫病，而且提高抗寒性和生长势；定植后多松土，开花前控制浇水，棚室栽培要控制好温度和湿度。
3、药剂防治。播种前彻底清理前茬病残株及杂草，并用恶霉灵、病害敌或绿亨一号、绿亨二号等药物进行土壤消毒。对霜霉病可用58%甲霜灵锰锌800-1000倍液、25%甲霜灵600倍液或75%百菌清500-600倍液喷雾；对白粉病、灰霉病、疫病等茎叶病害，可在发病前或发病初期，用绿亨二号对水800-1000倍液、75%百菌清500-600倍液或多硫悬浮剂500-600倍液喷雾；对枯萎病、蔓枯病等根部病害，可用50%敌克松800-1000倍、恶霉灵3000倍、绿亨一号3000倍灌根，每株灌150-200毫升；对细菌性角斑病可用氢氧化铜、绿亨7号、可杀得或冠菌铜等防治；对病毒病药剂可选用绿亨6号、病毒A或消毒立逃等防治，每隔7-10天施药1次。