种植棚室黄瓜一般在每年的12月至翌年1月份进行育苗，如果这时候天气条件不理想，此时小苗易感染猝倒病、立枯病，造成苗倒伏，死苗。
猝倒病的病症表现为黄瓜小苗茎基部或中部缢缩为线状，植株迅速在苗床上一片片地倒伏，直至植株死亡。立枯病主要引起烂种、烂芽，幼芽茎基部生圆形暗褐色病斑，从而引起白天子叶萎蔫，病部缢缩枯死，立而不倒。另外黄瓜苗期还容易发生沤根，表现为根部不发新根而腐烂，叶片发黄、焦枯；还易发生僵苗，表现为叶小，根少。对于苗期病害要以预防为主，菜农应注意以下几点：
1.做好种子消毒。黄瓜种子用55℃的温水浸种10～15分钟，不断搅拌，冷却后再用30℃的温水浸种6小时，然后用10%磷酸三钠消毒30分钟，捞起种子用干毛巾搓干或晾干。可杀灭种子所带病菌，如疫病、病毒病、炭疽病、蔓枯病、角斑病。
2.床土消毒。每亩用50%多菌灵0.5公斤，加细干土100公斤，搅拌均匀覆盖在种子上。
3.病害防治。出苗后管理可喷10%阿米西达1500倍液进行预防。
如果苗期感染了猝倒病，用98%恶霉灵可湿性粉剂3000倍液、64%杀毒矾可湿性粉剂600倍液、50%多菌灵可湿性粉剂600倍液，7～10天1次，连喷2～3次。立枯病发病后喷50%多菌灵可湿性粉剂加70%代森锰锌600倍液。立枯病与猝倒病混合发生时用72%普力克水剂800倍液加50%福美双800倍液喷淋。
4.防治沤根和僵苗。主要做好提高育苗棚的温度，可采用地热线、灯光、小拱棚等方式提温。另外叶面喷芸苔素内酯6000倍液，或爱多收6000倍液和核苷酸叶肥400倍液，以促进根的生长，使苗的生长恢复正常。