番茄病主要病虫害有：灰霉病、晚疫病、早疫病、叶霉病、病毒病、枯萎病、脐腐病、筋腐病、空洞果病、根结线虫、斑潜蝇、白粉虱、蚜虫、棉铃虫等。
按照“预防为主，综合防治”的植保方针，坚持以“农业防治、物理防治、生物防治为主，化学防治为辅”的无公害防治原则。
（一）农业防治
农业防治措施包括：
①与非茄科作物轮作3年以上。
②及时摘除病叶、病花、病果，摘除下部失去功能的老叶，集中销毁，减少菌源。
③测土平衡施肥。增施充分腐熟的有机肥，氮、磷、钾肥合理配合施用，避免偏施氮肥，适时补充钙、镁、铁等微量元素，预防筋腐病、空洞果病、脐腐病等生理性病害。
④适时通风降温，控制浇水。保护地晴天上午适当晚放风，使棚温迅速升高，当棚温升到30℃时，再开始放风，当棚温降至20℃时，关闭通风口以延缓温度下降，夜间温度保持在12～15℃，可预防灰霉病、叶霉病及疫病的发生。
（二）物理及生物防治
1、黄板诱杀棚内悬挂黄色粘虫板或黄色板条（25cm×40cm，），其上涂上一层机油，每亩30～40块，诱杀白粉虱、蚜虫等对黄色有趋性的害虫。
2、生物药剂使用2％宁南霉素200～250倍，在发病初期防治病毒病；1％农抗武夷菌素水剂150～200倍，在发病初期防治灰霉病、叶霉病、早疫病；1.8％阿维菌素3000-4000倍防治叶螨、美洲斑潜蝇、棉铃虫等，或用10％浏阳霉素乳油1000～1500倍防治茶黄螨、叶螨等；72％农用链霉素可溶性粉剂3000～4000倍，或25％青枯灵可湿性粉剂500倍喷雾，防治细菌性病害。
（三）化学防治
1．灰霉病发病初期用50％速克灵，或50％多霉灵，或65％甲霜灵，或50％农利灵800～1500倍，或28％灰霉克600倍，或50％灰霉宁500倍液喷雾防治，7d喷1次，连喷2～3次；雨雪大或棚内湿度大时采用烟剂熏蒸，在傍晚时，每亩用10％速克灵烟剂或百菌清烟剂300―500g熏蒸，点燃后密闭棚室一夜。
2．早疫病发病初期用75％百菌清600倍，或72％克露600～800倍，或58％甲霜灵锰锌800～1000倍，或64％杀毒矾500倍等药剂喷雾，兼治晚疫病、绵疫病、绵腐病等。还可用5％霜克或5％霜霉威粉尘剂每亩用1kg喷粉。
3．病毒病发病初期用1.5％植病灵1000倍，或20％病毒A500倍，或5％菌毒清200～300倍喷雾。
4．叶霉病发病初期用50％多菌灵800～1000倍，或70％甲基托布津800～1000倍，或60％防霉宝600倍喷雾。
5．蚜虫、白粉虱用l0％蚜虱净3000～5000倍，或10%吡虫啉可湿性粉剂1000倍，或4.5％高效氯氰菊酯乳油1500倍喷雾。
6．美洲斑潜蝇用48％乐斯本乳油600～800倍喷雾。