在番茄的生长过程中经常发生的病害有晚疫病、早疫病、白粉病、灰霉病、褐斑病等。
一、晚疫病
晚疫病是一种低温高湿性病害，早春和晚秋温差大的季节容易流行。此病在番茄的整个生育期中均有危害。病菌侵染幼苗、叶、茎和果实。以叶和果实受害最重。先侵染叶片和幼果，逐渐向茎秆、叶柄蔓延致使其变黑褐色。
防治方法：用25%阿米西达悬浮剂1500倍液控制流行速度、或用72%康灵可湿性粉剂600倍液，或69%安克可湿性粉剂600倍液等。
二、早疫病
早疫病典型症状主要是侵染叶、茎、果实。一般叶片受害严重，初像针尖似的小黑点，不断扩展为轮纹状斑。边缘多具浅绿色或黄色晕环，轮纹表面稍有凹陷为椭圆形或梭行病斑，感病部位生有刺状不平坦物，潮湿时病斑处长出霉状物。
防治方法；可用10%阿米西达1500倍液，或扑海因1000倍液喷施或喷淋和涂抹病部，尤其是果柄部位感病植株以涂抹病部效果更好。
三、白粉病
白粉病一般在生长中后期发生，从中下部叶片开始感病，初期在叶片上有白色斑点，后在叶片上形成明显不规则的大小不等的白色霉层病斑。重症时叶正反面布满白粉，直至叶片干枯。
防治方法：可用25%阿米西达1500倍液，或30%特富灵可湿性粉剂2000倍液的预防。
四、灰霉病
灰霉病一般从叶缘尖端开始发病，呈典型v字形病斑向内扩展，同时危害花、果实。果实发病是在花期侵染后，病菌残留在柱头上，或花瓣上继而向青果、果面、果柄扩展，感病的青果呈灰白色、软腐，长出大量灰绿色霉菌层。
防治方法：抓住黄瓜移栽前、开花期和果实膨大期3个用药关键期。始花期在沾花药液中加入0.1%用量的50%腐霉利或50%异菌脲后蘸雌花。
五、褐斑病
主要危害叶片，重症时也危害叶柄。发病初期叶面布满浅褐色小圆点，病斑中部为灰褐色至黄褐色，病斑边缘为黄褐色晕圈，病斑凹陷，后期病斑易穿孔。
防治方法：因其病突发性强，建议采用25%阿米西达悬浮剂1500倍液进行预防会有非常好的效果。也可选用75%达科宁可湿性粉剂600倍液，或25%凯润乳液1500倍液，或6%乐比耕可湿性粉剂1500倍液等喷雾。