玉米苗颜色多数为深绿色，如果管理不当、缺肥或者气候异常，玉米苗颜色会变为黄色、红色、白色、紫色、淡绿色、黄绿色等异常的颜色，即所谓的黄叶苗、白化苗、紫叶苗、僵叶苗、黄绿苗。玉米苗颜色异常，既影响玉米正常生长，又降低产量和品质，因此，要设法控制。
黄叶苗起初秧苗叶色淡绿，逐渐变黄，严重时全叶枯死。其危害是造成空秆或秃尖。发生原因：种子不饱满，秧苗不壮；播种过深，出苗弱；密度过大，影响生育；土壤缺肥。控制措施：一是播前精选良种，挑出秕粒、霉粒、坏粒、小粒，确保种子净度、纯度均在98%以上，发芽率在90%以上。二是催芽播种，采用种子包衣或肥水浸种。三是适时间苗，在玉米3到4叶时去掉小苗、弱苗、病苗及田间杂草。四是间苗后，补施氮肥，促苗早生快发。五是对出苗前后有干土块的，要及时打碎干土块。
白化苗叶片上有白色的条纹，严重的全株叶片发白，最后干枯，造成植株死亡，颗粒不收。发生原因是土壤中缺锌。控制措施：一是用锌肥作种肥，每667平方米用硫酸锌1.5-2.0千克，和15-20千克细土混合均匀，在玉米播种时撒在种子旁边。二是锌肥拌种，用2-3千克温水，溶解1千克锌肥，拌25千克玉米种子，阴干后播种。三是叶喷锌肥，对出现缺锌的苗，每667平方米用0.2-0.3千克的硫酸锌加水100千克进行喷雾，每隔7天喷1次，一般喷2-3次即可使苗恢复正常。
紫叶苗秧苗叶片、叶鞘由绿变红，最后变紫，一般在玉米3叶期出现，在4-5叶时表现最明显，根系不发达，茎细小，生长缓慢，叶片由绿变紫，严重时叶片枯死。产生紫苗主要是因为土壤缺磷，根系吸收能力下降，叶绿素合成受阻，致使叶片由绿变紫，3叶期后低温也易发生紫苗。紫苗的危害：可导致玉米空秆、秃尖，影响产量，降低品质。控制措施：一是增施磷肥作底肥，一般667平方米施40-50千克过磷酸钙和腐熟发酵的有机肥作底肥。二是叶面喷施磷酸二氢钾，若出现紫苗，可以用0.2％的磷酸二氢钾进行叶面喷施2-3次，时间间隔8天左右。
僵叶苗主要发生在幼苗3叶期之前，秧苗株形细小、叶片淡绿，不壮、不新鲜，黑根多，移栽后，除新叶呈绿色，外叶发黄发僵，抗逆性差，易出现死叶、死苗。导致僵叶苗的原因是：土壤过硬、过量使用化肥、过量使用种肥、种和肥隔离不好烧苗、土壤干旱、发育不良等原因。控制措施：一是苗期以腐熟的有机肥为主，不用或少用尿素作底肥。二是保持土壤适当的温度，湿度，且壮苗移栽。三是合理灌水、除草、防病灭虫。四是及时喷施叶面肥。
黄绿苗玉米苗叶片细窄，株形矮小，叶片出现黄绿相间的条纹，严重时叶片呈深褐色，最后焦枯死亡。症状从下部叶片开始，逐渐向上部叶片转移。此类苗的危害是易导致玉米倒伏。控制措施：一是增施钾肥。通常要根据土壤钾素的盈亏情况，确定钾肥施用量，如果没钾肥可补施草木灰。二是对严重缺钾地块，应在苗3叶期用磷酸二氢钾、草木灰浸出液进行幼苗喷雾。