保护地番茄灰霉病病原菌为灰葡萄孢，属半知菌亚门真菌。主要侵染茎叶和果实，是影响产量较重的一种病害。叶片染病后，自叶尖或叶缘沿叶脉呈“v”字形水浸状，后变浅褐色，有时可见轮纹。有时病斑上有灰白色霉状物产生。果实染病多自残花或柱头处先发病，病部水渍状，白绿色，稍凹陷，后期病部有灰白色霉状物产生。地表茎染病后，先呈水渍状，后变浅褐色，稍凹陷，有时有轮纹或有霉状物产生。造成地表茎染病的主要原因是前茬作物的病残组织遗落土壤中，在适宜的环境条件再次侵染所致。
在保护地内防治灰霉病，可采取生态和化学防治相结合的办法。生态防治：
①选择晴天上午浇水，然后及时增温和放风排湿。②尽量加大棚膜与地面的夹角，以利增强透光强度，并减少水滴，提高植株的抗病能力。③及时摘除开败的残花和柱头，减少初次侵染。④经常清除棚膜表面尘埃，以利增温透光。⑤定植后及时覆盖地膜，以利降低空气湿度。化学防治：提倡以防为主，花前即开始用药。目前比较理想的药剂是嘧霉胺系列。一是40%隆利可湿性粉剂，该药具有内吸传导和熏蒸作用，成本较低，而且便于冬季保管。使用浓度为1000倍液，二是40%施佳乐800―1000倍液。使用这两种药剂，应避免高温时喷药和喷药量过大，喷布均匀即可，以免产生烧叶或出现褐斑叶等药害。为了防止植株产生抗性，应与其他农药交替使用。其他药剂如，50%多霉灵或65%甲霉灵与40%菌核净可湿性粉剂混合液400―800倍；50%速克灵与40%菌核净可湿性粉剂混合液400―800倍液；50%农利灵，800―1000倍液，50%扑海因800―1000倍液等。以上药剂在使用上应视病情轻重程度来掌握使用浓度和间隔时间。除此之外还可结合腐霉利烟剂熏蒸防治。