从颜色上看，有毒的蘑菇颜色往往鲜艳，呈红、绿、黄色等，菌伞常带有杂色斑点，表面有丝状物或小块的残渣或鳞片。而无毒菇一般颜色不鲜艳，菌盖表平，伞面光滑。
从分泌物上看，有毒蘑菇的菌盖或受伤部位，常分泌出赤褐色粘稠浓厚液体等，有辛辣等异味。菌盖撕裂后容易变色。而无毒蘑菇一般较为干燥，折断后分泌出的液体为白色，有特殊的蘑菇香味，菌盖撕裂后一般不变色或变色较慢。
有毒蘑菇伞柄上往往有环状轮纹，且容易折断，下部有菌托，根部生有囊孢，伞柄很难用手撕开。而无毒蘑菇的伞柄上无环状轮纹，伞柄易撕开。
用化学方法鉴别。有毒蘑菇挤出的乳汁，涂在纸上，干后滴一滴浓盐酸，20分钟后呈蓝色或立即变化、30分钟后变蓝。