猕猴桃根系病害，一般都由土壤传播，引起根腐病、根癌病、疫霉病和根结线虫病，或者在栽树之前没有进行土壤消毒处理，引起病毒的滋生蔓延。
根腐病造成烂根
农业防治：①培养无病苗木，选多年种植禾本科植物无病地育苗，施肥最好施用充分腐熟的厩肥或饼肥；②在新建园时，清除土内所有植物残体；③猕猴桃属需水多又怕涝、耐湿性弱的一种果树，在高温季节一定要采用合理的灌溉方式，切忌大水漫灌或串树盘灌，可从水渠分别引入灌溉；④地下水位高、地势低洼、排水不良的果园，在长时间降雨或大雨后，要及时开沟排水，降低田间湿度，增加土壤透气性；⑤合理的栽植深度；⑥合理的负载。
药剂防治：对已感病的成龄果园，可用0.8％的菌立灭300倍或40％多菌灵400倍灌根，每树灌2～3公斤药液，每隔15天灌一次，连灌2～3次，均能显著抑制病害和提高单株产量。
根癌病造成烂根
防治方法：①不用前茬作物有根癌病的地块作苗圃地，不从病区调运种苗，如调运的苗木发现有病株，必须剔除烧毁，并对其他苗木用2%石灰液侵泡1～2分钟，或用0.1%升汞水侵泡3～5分钟严格消毒；②田间发病较轻的植株，扒开根部土壤后用小刀刮去肿瘤，并用波美3～5度石硫合剂或5%菌毒清水剂30～50倍，或菌立灭水剂100倍液涂刷伤口。发病重的植株带根彻底烧毁，土壤用溴甲烷熏蒸消毒。
疫霉病造成烂根
防治方法：①栽植苗木的嫁接口必须高出地面，最好高垄浅栽，浇水要均匀，应选择土壤有机质含量高、疏松、透气性好、地下水位不高、不易积水的田块建园；②发病初期扒开根部土壤进行晾晒，刮除病斑组织，用0.1%升汞溶液消毒，在阳历5月中旬降雨前或浇水前，用苯莱特可湿性粉剂500倍液稀释灌根；③施基肥方面，一定不要施用没有腐熟的生羊粪、生牛粪、生猪粪、生鸡粪以及没有腐熟的人粪尿，这些没有腐熟的粪类，杂菌太多，带有各种病菌的传染源，尤其是生鸡粪，它不但是强碱性而且含有相当数量的尿酸，进而毒害根系。