莼菜茎蔓淹没于水下，但成长的叶片漂浮于水面，行光合作用。如田水太深，叶片伸展到水面需大量消耗养分，如太浅，则茎叶扩展空间小，易密集丛生，不利高产优质。田水的深浅还密切关系阳光的透入，直接影响土温的升降。因此，水层深浅需随季节转换而不断调整。
从开春到立夏时期，外界水温和气温低，为使阳光晒入底土，提高土温，促新根早发，灌水宜浅，一般以15～20厘米为宜。立夏后，气温日益升高，新枝新叶也日益伸展，应逐步加深水层，以适应枝叶伸展之需。并通过加深水层调节水温。到高温盛夏季节，气温过高，不适宜莼菜生育，这时应将水层加深到50～60厘米，同时，保持田水流动，以降低水温。入冬后仍保持20～30厘米水层深度，利用水层调温防冻，保护莼菜安全越冬。