大棚黄瓜比露地的空间湿度大温度高，更易病虫害发生，为了达到无公害蔬菜生产的目标，在大棚黄瓜病虫害防治上要贯彻“预防为主、综合防治”的方针，针对不同时期的温、湿度条件和不同病害采取不同农业措施，生物防治，物理防治的方法，改善和优化大棚生态环境，及早确诊病虫害，抓住病虫发生初期对症用药，优先采用粉尘法、烟熏法，交替使用不同类别的无公害农药并严格遵守安全间隔期。
1、物理防治：使用遮阳网控制温度，使用防虫网减少虫害。
2、生态防治：搞好温度调控，白天控制温度25-30℃，夜间控制温度12-15℃。禁止大水漫灌，相对湿度控制在85%以下，尽量保持叶片不结露，或减少结露时间。采用高温闷棚防治霜霉病。
3、化学防治：
（1）霜霉病：可选用80%大生M-45、70%代森锰锌、70%百菌清、70%乙膦铝锰锌、40%吉高800~1000倍液喷雾，或用45%百菌清烟剂每亩200~250克，分放在棚内4~5处，用暗火点燃，密闭大棚进行烟熏，次日早晨通风，或用5%百菌清、10%防霉灵粉剂每亩1公斤在早晨或傍晚进行喷粉。
（2）细菌性角斑病：可用华北农用细菌快克500倍液防治。
（3）灰霉病：发病初期交替选用50%腐霉利(速克灵)1500倍液，65%甲霉灵或50%多霉灵(多霉威)1000倍液，50%多菌灵或70%甲基硫菌灵800倍液喷雾，每隔7~10天喷1次，或用10%腐霉利或45%百菌清烟剂每亩250克熏烟，或在傍晚喷撒5%百菌清粉尘剂，每亩1公斤，每隔10天左右喷1次。
（4）白粉病：发病初期用20%粉锈宁乳油或25%粉锈宁可湿性粉剂1500倍液，或12.5%烯唑醇或25%腈菌唑可湿性粉剂3000倍液，或4%农抗120水剂500~600倍液喷雾。
（5）疫病：发病初选用25%甲霜灵600倍液，50%乙膦铝锰锌或64%恶霜灵锰锌(杀毒矾)400倍液，72%霜脲锰锌(克露)或70%百菌清或40%吉高600~800倍液喷雾。
（6）瓜蚜：可用10%的吡虫啉可湿性粉剂1500倍液喷施或2.5%D的溴氰菊酯乳油2000倍液喷施，或10%烟盛烟剂熏烟。