在蘑菇栽培中，下列畸形菇的产生比例较高，发生的原因及防止措施如下：
地雷菇因是粗土粒喷湿后菇房通风量过大，温度偏低，覆细土过迟和细土粒过湿等，使实体原基着生部位过低，原基在长大过程中受到周围土粒的挤压，菇形不圆整，菇表面带泥土像“地雷”状。
防止方法加强水分管理，粗、细土喷湿要适时、缓慢，粗土粒喷湿后减少通风，保持房内空气相对湿度在80%左右，促使菌丝向上面生长。
空心菇出菇期间菇房空气湿度过低，菇体水分蒸发快，土面喷水少，迅速生长的子实体得不到水分的补充，就会在菇柄产生白色的髓部，甚至菇柄中空，产生空心菇。
防止方法在蘑菇盛期，要加强水分管理，及时喷水不使土层过干，使快速生长的子实体能够得到充足的水分，以减少空心菇的发生。
球形菇覆盖粗土前老菌块未挖除，料层厚薄不匀，菌床面干湿不均等，都会使几个或十几个子实体成丛地长在一起，形成大小不一的球状菇体。采摘大菇时，小菇受到牵连、损伤，球菇拥挤成团，还会减少成品菇。
防止方法撒播或穴播前应及时挖出老菌块或适当增加土层厚度，铺覆平整。
伞状菇气温突然下降，细土湿度偏高且菇房温度偏低，夜间冷风吹进菇房产生较大的温差，会使未成熟的幼菇发生菌褶与菌柄脱离，促成幼菇提早开伞。
防止方法避免冷风突然吹进菇房，注意保温，并使菌床保持适宜含水量，幼菇即可在低温下健壮生长。
密小菇由于覆土过薄，菌丝冒过细土，水分供应断断续续，出菇不正常，都会造成出菇密而多，致使菇小体轻，质量差。
防止方法采取追肥，及时增补覆土，轻喷勤喷水，保持正常湿度。
薄皮菇培养料发酵不足，过薄，过干，粗土含水不够，出菇密度大，湿度忽低忽高，子实体生长快、成熟早，均能造成菇体柄细且薄。
防止方法培养料要适度腐熟，料层要铺有一定厚度，不能过干，注意控制出菇节奏。
锈斑菇子实体出土后，若床面喷水后不及时通风，菇房空气湿度过大，菇盖上积聚水滴部位便会出现铁锈色的斑点，从而降低菇的质量。
防止方法每次喷水后，菇房须适当通风，以散发掉菇体表面的水分。
小盖菇菌床覆土过厚，粗土颗粒偏大，覆土时间过迟，土层长时间偏干，冬季用煤加温引起一氧化碳浓度过高，农药轻度伤害等，都会造成柄长盖小或柄粗盖小的菇体。
防止方法土粒不可过大、过硬，覆土不要过迟，出菇期及时调节水分，禁止使用农药并适当通风。
红根菇自然气温偏高，料面喷水太多，尤其是采菇前喷水过重，通风不良，常会使菇脚发红。
防止方法出菇期土层含水不宜过多，采摘前停止喷水及调节通风量。
鳞片菇气温偏低，菇房偏干，气温及干湿度变化迅速等，易使菌盖生出鳞片。
防止方法出菇前要提高菇房的相对湿度并尽量保持平衡。