苹果园土壤中或树体生理性缺少某种所需元素时，常会引起生长发育受阻，枝、叶、果表现异常症状，影响产量、外观和品质。常见的有苹果小叶病、苹果黄叶病、苹果缩果病和苹果苦痘病等。
(1)苹果小叶病：该病是因土壤中缺少锌元素引起的生理病害。在沙质薄地、碱性土壤的果园中发生重。主要危害新梢和叶片，春季病树发芽较晚，抽叶后生长停滞，叶片狭小细长，叶缘向上，叶质硬而脆，叶色呈淡黄绿色，或淡浓不匀，簇生成丛状，易早落。病枝节间缩短，生长衰弱，后期或枯死。在枯枝下方又可另发新枝，仍表现同样症状。病树花芽减少，花朵小而色淡，不易坐果，所结的果实小而畸形。初发病的幼树，根系发育不良；老病树的根系有腐烂现象，树冠稀疏，产量很低。
(2)苹果黄叶病：该病是因土壤中缺少铁元素引起的生理病害。多发生在盐碱地或钙质土壤的果园，尤其是苗期和幼树受害严重。病害多从新梢顶端幼嫩叶片开始，初期叶片先变黄，叶脉仍为绿色，叶片呈绿色网纹状。随后叶片逐渐变黄，提前脱落，新梢顶端枯死。一般树冠外围的新梢顶端叶片发病较重，下部老叶发病较轻。幼苗发病，也是从枝梢端的幼嫩叶片开始，其症状与上相同。
(3)苹果缩果病：该病是土壤中缺少硼元素引起的生理病害。山地及沙质土壤的果园发生较重，干旱年份偏重。病害主要表现在果实上，落花后至采收期均可发生，病情严重时可引起大量落果，产量降低，品质变劣。有的品种新梢、芽和叶也表现出症状。
①由于品种和发病期不同，缩果病在果实上的症状主要有以下3种类型：
干斑型：多发生在落花后半月左右的幼果期。最初在幼果背阴面出现近圆形褐色斑点，病斑部的果肉为水渍状半透明，表面泌出黄色粘液，后期果肉坏死，变褐至暗褐色，干缩凹陷成干斑。病果小而畸形，果肉质硬、粗糙、汁少。重病果常提前脱落。
木栓型：从落花后到来收前陆续出现症状，但以生长后期发生较多。初期果肉发生水渍状病变，不久变为褐色，呈海绵状松软，味淡，以后从萼筒基部开始出现木栓化组织，沿果心线扩展至果肉内部呈放射状散布于维管束之间。木栓化部分的果肉味苦，不堪食用。幼果期发病，果实小而畸形，易早落；发病晚的，果形变化不明显，仅表现稍现凹凸不平。红色品种的病果，果色变浓且着色较早，呈暗红色，易早落。
锈斑型：多出现在感病品种上，主要特点是沿果柄周围果面上产生褐色、细密的横形条斑，在摘斑处常开裂，但果肉不坏死，只是松软，淡而无味。
②缩果病在枝叶上的症状也有以下3种类型：
枯梢型：发病初期，当年生新梢顶部叶片淡黄色，叶柄、叶脉呈淡红色至红褐色，整个叶片扭曲不平，叶尖和叶缘出现坏死斑，在新梢顶端的韧皮部和形成层组织内产生黑色坏死斑点，扩大后，从新梢顶端向下逐渐枯死，形成枯梢。此症状常出现在8—9月间。
丛枝型：春天枝梢上的芽不能发育，或展开后很快死亡，从新梢顶端向下枯死，以后在枯枝下部长出许多细枝，形成丛枝。严重时可导致整枝死亡。
簇叶型：春季或夏末枝梢不能生长，节间很短，在节上生出许多质脆、小而厚的叶片，呈簇生状。病情严重时，大量枝条及芽枯死，严重影响树冠扩大及花芽的形成，甚至可造成大枝死亡。
(4)苹果苦痘病：该病是因树体生理性缺钙造成的，修剪过重、偏施氮肥、树体过旺及肥、水不良的果园发病重。国光、青香蕉、金冠、红星等品种更易发病。在果实近成熟时开始出现症状，贮藏期继续发展。发病初期，病斑多以皮孔为中心，在红色果上呈暗纪色，在绿色或黄绿色果上呈浓绿色，近圆形，周围有暗红色或黄绿色晕圈。随后病斑稍凹陷，变为褐色。病斑皮下组织亦变为褐色，呈海绵状坏死，有苦味。贮藏后期，病部组织易被杂菌侵染而腐烂。