番茄病毒病的病毒在多年生宿根植物或杂草上越冬，种子也能带毒，成为初侵染源。主要通过汁液接触传染，只要寄主有伤口，即可侵入。附着在番茄种子上的果屑也能带毒。因此，防控番茄应当以预防为主。主要措施如是：
一、截断传播途径
截断传播途径是预防任何病害的核心，对病毒病更是如此。针对依靠接触传染的烟草花叶病毒、马铃薯X病毒、番茄斑萎病毒，要对种子、人手和农具进行消毒并在移栽整枝过程中实行先健株后病株的程序。可使用10%磷酸三钠浸种40~50分钟或擦拭手和工具，也可以用0.1%~0.15%高锰酸钾溶液浸种15~20分钟。对于由蚜虫、粉虱等昆虫传染的黄瓜花叶病毒、烟草卷叶病毒、番茄黄化曲叶病毒等，则主要采取“治虫防病”的方针。治蚜可用10%吡虫啉可湿性粉剂1000倍、25%阿克泰水分散剂4000~6000倍、3%啶虫脒乳油1000倍液、20%丁硫克百威乳油1000~3000倍液或50%抗蚜威（辟蚜雾）可湿性粉剂2000~3000倍液、25%唑蚜威（灭蚜灵、灭蚜唑）乳油500~1000倍液，也可以使用杀灭菊酯、高效氯氰菊酯、敌敌畏等。治粉虱除了可用吡虫啉、啶虫脒外，还可以用10%扑虱灵乳油1000倍液、1.8%阿维菌素2000倍液、25%灭螨锰1000倍液以及菊酯类药剂。
二、提高自身抗病能力
面对番茄病毒种类多，传播途径广，被侵染机会多的特点，提高番茄自身抗病能力是防治的基本策略。可以从以下几方面考虑:种植抗（耐）病品种。目前虽然没有能抗所有病毒的品种，但已经有单抗一种病毒的品种可供选择；科学管理，合理施肥，使番茄长势良好；在未经感病的幼苗上，接种番茄弱毒疫苗，如对烟草花叶病毒有效的N14、对黄瓜花叶病毒有效的S52，或在定植前喷10%混合脂肪酸水剂（83增抗剂）或0.5%抗毒剂1号（菇类蛋白多糖）水剂200倍液。
三、清除毒源
这一点对于北方番茄生产尤为重要。清除棚室周围的杂草，选择与非茄科作物轮作，零星发病期拔除病株以及对育苗地实行严格的种子消毒和防虫措施都是行之有效的。如果能在苗期60天内控制病毒的入侵会在很大程度上减轻病毒的危害。