一、水稻大棚空间大、容量大，温度人为可控，室内受外界气温影响小，利于秧苗不同生长发育阶段按需要控制温度、湿度和养分，秧苗的成苗率和利用率较高。
二、中小棚周边秧苗弱小，中间苗壮，秧苗不齐，不利于插秧，秧苗的成苗率和利用率低。
三、中小棚受外温影响大，白天温度高，夜间温度低，昼夜温差大，稻苗易感病，育秧出苗慢，秧苗素质差，极易发生水稻立枯病。据调查，同天播种的到35天以后大棚育秧的达到了壮秧标准，而中小棚育秧叶龄相差0.5－1.0片叶，白根数相差3－4条。
四、水稻育苗大棚还可以一棚多用。春育稻苗，秋延后种植一茬蔬菜。秋季生产一茬延后蔬菜，每平方米纯收入16.7元；如果全市7万公顷水田，全部采用大棚的话，每公顷按100平方米计算，仅秋延后蔬菜一项公顷纯收入为1670元，全市可增加纯收入1.169亿元。