大棚早春茬西瓜多采用“三膜一苫”的覆盖保温方式进行栽培，即大拱棚里套小拱棚，拱棚内覆地膜，小拱棚外面覆盖草苫，可比露地西瓜提早上市60多天。虽然经济效益较为可观，但由于育苗期温度较低，很容易出现下面的问题，因此瓜农要早做防范，以免影响后期的农事安排及经济收益。
僵苗
症状幼苗生长量少，展叶慢，新生叶叶色灰绿，叶片增厚，皱缩，组织僵硬，子叶和真叶变黄；根部发黄，甚至褐变，新生白根少。西瓜苗一旦发生僵苗，恢复得很慢，会延误农时，严重影响产量和效益。僵苗是西瓜苗期主要的生理障碍。
发生原因苗床气温低，特别是土壤温度低，不能满足西瓜根系生长的基本要求；育苗床土质黏重，土壤含水量高，幼苗发根困难，根的吸收能力差；苗床或种植穴施用化肥或未经腐熟的有机肥而引起烧根；定植过程中根系损伤过多，或整地、定植时操作不当，根部架空，根与土壤没有紧密接触，影响发根；地下害虫危害幼苗根部。
预防措施选择疏松、通气性良好的田园土作为营养土；改善育苗环境，采用地热线或地膜覆盖育苗，提高地温；苗床施用腐熟的有机肥，远离根部轻施复合肥；适时适量浇水，以免降低苗床温度和地温，影响根系生长；定植时采用高畦深沟，加强排水；移栽前注意炼苗；适时定植，防止定植后遭受低温的影响，选择冷尾暖头的晴天定植；防治地下害虫。
徒长苗
症状西瓜苗生长过于旺盛，出现徒长，表现为节间伸长，叶柄和叶身变长，叶色淡绿，叶质较薄，组织柔嫩。
发生原因苗床光照不足，温度过高，土壤和空气湿度大，易出现徒长苗。徒长苗对低温抗性差，容易发生冻害。
预防措施合理调节温度、湿度及光照。苗床温度采取分段管理，适时通风、降湿，增加光照，避免温度过高；降低夜温，加大昼夜温差；在光照不足的条件下，适当降低温度和湿度。
细弱苗
症状西瓜幼苗的子叶小、色淡，真叶小、皱缩，茎细。
发生原因育苗条件差，根系发育不良；缺肥。
预防措施改善育苗条件，采用营养钵加温措施进行育苗；苗床土或营养土拌入适量速效肥，每立方米加入三元复合肥250克、过磷酸钙250克；及时增施叶面肥，用0.2％-0.3％的磷酸二氢钾溶液或0.2％的尿素溶液喷施叶面。
沤根苗
症状主要发生在西瓜幼苗的根部或茎部，是西瓜育苗期常见的一种生理性病害。发生沤根时，根部不发新根或不定根，根部变褐后腐烂，子叶和新叶变薄，呈黄褐色或乳黄色，叶缘焦枯，地上部萎蔫。焦枯严重时，成片干枯，似缺素症。病苗容易拔起，没有根毛。
发生原因育苗环境较差，温度过低，或者苗床土壤湿度较大。预防措施采用营养钵加温措施进行育苗；苗床应建在地势高燥、背风向阳、排水方便的地方，播种前苗床应充分翻晒、施足基肥；用药剂处理床土或营养土；播种前用55℃温水浸泡种子15分钟，浸种后催芽播种；加强苗床管理，苗床温度应控制在20℃-30℃，地温保持在16℃以上，并做好苗床保温，防止冷风吹入；注意通风唤气，小水勤浇，防止苗床湿度过大。
白化苗
症状在第一片真叶出现时，子叶和幼嫩真叶边缘失绿、白化，造成幼苗生长停滞。轻者可恢复生长，重者子叶和真叶干枯，只保留生长点，导致缓苗期长甚至僵苗，严重时子叶、真叶、生长点全部受冻致死。
发生原因幼苗受冻，苗期通风不当，床温急剧降低所致。
预防措施适时播种，采取苗床保温措施，保证床温白天在20℃以上，夜间不低于15℃；出苗期早晨不可通风过早，通风量应逐渐加大，避免苗床温度骤变而伤苗。