防治方法：
1、农业防治：有条件者最好与水生作物轮作，或在夏季把病田灌水浸泡半个月，或收获后及时深翻，深度要求达到20厘米，将菌核埋入深层，抑制子囊盘出土。同时采用配方施肥技术，增强植株抗病力。
2、物理防治：播种前用10％盐水漂种2~3次，淘除菌核。用紫外线透过率较高的塑料薄膜覆盖棚室，可抑制子囊盘出土及子囊孢子形成。也可采用高畦覆盖地膜的栽培方式抑制子囊盘出土及释放子囊孢子，减少菌源。
3、种子和土壤消毒：定植前用40％五氯硝基苯配成药土耙入土中，每667平方米用药1千克兑细土20千克，拌匀撒入定植穴。种子用55℃温水浸种10分钟，即可杀死菌核。
4、生态防治：棚室栽培时，上午以闭棚升温为主，温度不超过30℃不要放风，温度较高还有利于提高黄瓜产量，下午及时放风排湿，相对湿度要低于65％，发病后可适当提高夜温以减少结露，可减轻病情。防止浇水过量，土壤湿度大时适当延长浇水间隔期。
5、药剂防治：棚室地面上出现子囊盘时，采用烟雾或喷雾法防治，用10％速克灵烟剂，或45％百菌清烟剂，每667平方米250克，熏1夜，隔8～10天1次，连续或与其它方法交替防治3～4次。喷撒5％百菌清粉尘剂，每667平方米每次1千克。也可用50％速克灵可湿性粉剂1500倍液，或50％扑海因可湿性粉剂1000倍液，或50％农利灵可湿性粉剂1000倍液，或60％防霉宝超微粉00倍液，或20％甲基立枯磷乳油1000倍液，或50％扑海因可湿性粉剂1500倍液加70％甲基硫菌灵可湿性粉剂1000倍液于盛花期喷雾，每8～9天1次，连续防治3～4次。病情严重时，除日常喷雾外，还可把上述杀菌剂兑成50倍液，涂抹在瓜蔓病部，抑制病情。