土壤消毒就是将药剂施到土壤中去，主要用于防治土壤习居菌所致的各种根部和维管束病害。此外也可以杀灭在土壤中越冬的病原物。用杀线虫剂处理土壤，可以防治为害大白菜根部的线虫。土壤处理包括翻混法和浇灌法。
前者是将药剂施到地面后随机翻耕，使药剂分散到土壤耕作层内；后者是将水溶液药剂均匀浇在土面，任其浸润或适当翻动。必须指出，凡使用熏蒸剂（如福尔马林、杀线虫剂等）处理土壤后，不能立即播种或定植种苗，必须经过7～10天风干，让药剂挥发至安全程度，方可种植，否则会发生药害。
