为了杀死辣椒种子表皮病菌及钝化病毒，在辣椒种子浸种催芽前最好进行种子灭菌消毒。可采取以下两种消毒方法：
一种方法时用10%磷酸三钠溶液浸泡20分钟后用清水冲洗干净，辣椒种子消毒后，放入25℃左右水中。之后在室温下浸泡12小时左右，然后进行浸种催芽。
另一种是辣椒种子放入50~55℃热水中，恒温浸种15~20分钟，并不断地搅动，待水温下降时加入热水，使水温保持在50~55℃之间，20分钟后加入冷水降到20~30℃。
