在冬春棚室栽培条件下，由于棚室内通风较差，昆虫较少，不利于传粉授粉，容易造成番茄授粉不良，早期温度较低时不利于坐果，这些都容易引起番茄座果率下降或果实生长发育不良，形成畸形果，产量和品质受到影响。所以，保护地栽培的番茄需要进行人工授粉，以提高产量和品质。其具体操作技巧如下：
一、开花初期
使用赤霉素和防落素等来提高授粉和座果率。只能用于涂花或浸花，使用浓度为10-20毫克/公斤，不能喷雾，不能让药液沾到叶片上，否则易引起叶片畸形。番茄灵在每朵花序上有3-4朵花开放时喷洒，浓度为20-50毫克/公斤，每朵花处理一次。番茄开花时，用10-50毫克/公斤的赤霉素喷花，能提高坐果率。
二、开花中期
使用防落素喷洒效果好，使用浓度为25-40毫克/公斤。若在药液中添加适量的微量元素如硼、锌、铜等，对提高座果率和促进果实膨大效果便佳。使用浓度随气温变化而不同，严冬季节使用浓度可酌情加大，但不宜过高，以防出现畸形果。
三、人工授粉
采用人工振荡授粉法也能提高番茄座果率、产量和品质。就是在番茄花序开花盛期，振荡花序进行人工辅助授粉，但要求细心操作，以防植株和花序受伤。此法与使用防落素相比，可显著提高番茄的座果率和总产量。