出苗晚：主要由于育苗后，遇到低温阴雨天气，床内水分下渗，床土表层缺水，出苗受到影响。应选择晴天中午用喷雾器喷水补充水分，保持湿度，促使出苗。
烧苗：烧苗多发生在温度多变的育苗中期，是苗期管理不善造成的一种高温生理灾害。晴天应做好通风管理，尤其是晴天中午气温超过20℃时全揭膜，苗小苗弱时遮阳防烧苗。
闪苗：闪苗是一种因通风管理不当而造成幼苗生长环境突变的生理病害。幼苗揭膜后产生萎缩现象，随之叶缘上卷，叶片变白干枯。应注意及时通风，风口开在背风面并调换放风口。
僵苗：僵苗是苗床土壤管理不良和苗床结构不合理造成的一种生理障碍，表现为叶片黄小，生长慢，茎秆细、硬。应增加光照，及时灌好苗期水，保持床土土壤水分70%~80%，并喷施壮多收等叶面肥，促进幼苗生长。
苗期病害的预防：辣椒苗期病害主要是猝倒病、立枯病。低温高湿易引起猝倒病，高温高湿易发生立枯病，应及时用70%甲基托布津800倍或50%代森锰锌500倍液喷雾预防。