1、保藏蘑菇菌种的条件要稳定、干净。保藏菌种专用设备不可将保藏条件悬殊过大的种类一起保藏；容器内必须干净，温度必须稳定，不随便开启，尽量少打开保藏菌种容器。
2、变更培养基保藏，如PDA与粪草培养基同时使用，繁殖时同时比较，选择使用。
3、每年进行一次实验室常规性状测试比较，变异较大的菌株停止使用。更换培养基后可恢复性状的可继续使用。
4、有件的应成批放入液氮罐保存，每年取出一支或数支试管进行繁殖，恢复繁殖时按常规进行必要性能测试。
5、菌丝复壮，可采用菌丝多次尖端分离的办法，达到保持菌株的活力、纯度、脱毒等作用。