被危害的植株表现为幼虫钻蛀于葱心叶和叶鞘上蛀食叶肉和表皮，并形成灰白色不规则蜿蜒潜道，幼虫在潜道中钻行于葱叶各处，危害叶脉，严重时会导致大葱地上部干枯死亡。
一般潜叶蝇危害严重的地区，农业防治需考虑蔬菜布局，将潜叶蝇不危害的植物与大葱套种。适当疏植，增加通透性。及时清理被潜叶蝇危害的病叶，将其深埋，烧毁或者沤肥。
药物防治可采用2%阿维菌素1000倍液等进行喷雾防治。另外不同时期的潜叶蝇需区别防治。在幼虫2龄前（虫道很小时），喷洒98%巴丹原粉1500～2000倍或1.8%爱福丁乳油3000～4000倍液，48%乐斯本乳油800～1000倍液，25%杀虫双水剂500倍液，98%杀虫单可溶性粉剂800倍液，50%蝇蛆净粉剂2000倍液；在成虫羽化高峰的8～12小时施用5%锐劲特悬浮剂，5%抑太保乳油2000倍液，5%卡死克乳油2000倍液效果好。