如果辣椒种刚刚播下即遇连阴天，会延长出苗时间。保障出苗率的方法有两方面，首先是选择抗性好、芽率高的品种，如千一尖椒、百耐尖椒等；其次是正确管理，铺地膜后不浇水，60%以上出苗后揭掉地膜，如果揭地膜时赶上晴好天气，要注意防止因幼苗蒸腾作用加强而导致的萎蔫，方法是浇小水，或叶面喷洒清水以保湿。做到这两点，出苗率可达到90%以上。
对于已经出苗的辣椒遇连阴天，应着重预防立枯病和疫病。建议混合使用福美双和多菌灵进行灌根，预防和治疗辣椒死棵病害的效果非常明显。
同时，由于连阴天时光照弱，棚内温度相对较高，幼苗发生徒长的几率相当大，这不仅在辣椒上面有表现，在黄瓜上也发生大面积的徒长现象，严重影响了作物的花芽分化，大大降低作物的前期产量，因此，要及时用植物生长调节剂调节幼苗生长，防止徒长。点花、打药时添加爱多收、丰收一号等生长调节剂和增效剂，这是对作物用药方面使用的小窍门。这样做既可以提高药效，还可以减少农药使用量，减少害虫产生抗药性的几率。此外，还能明显改善农药的润湿、展布、分散、滞留和渗透性能。一举两得。特别是在连续的阴雨天气，可以更好地解决西红柿等茄果类作物坐果难、丝瓜等瓜类作物蘸花后瓜条生长缓慢、畸形等现象。杀虫药剂中添加，更可以明显提高杀虫效果，延长打药间隔期。