育秧的要求是既需要秧苗粗壮清秀，又必须避免秧苗生长过旺，出现徒长秧和拔节秧。因此，晚稻秧田宜用肥效缓而持久的有机肥料如塘泥、猪粪尿等作基肥。同时施用少量磷肥，其数量较早、中稻秧田为少。而一般不用或少用化学氮肥作基肥，以利控制秧苗生长。
氮肥作追肥，必须严格看苗施用，秧苗中期无缺肥现象则不追肥。但起身肥对晚稻育秧是非常重要的，一般在移栽前两三天每亩追施尿素2.5kg或硫铵5kg，以利移植后新根的良好发育和加速禾苗的返青。
晚稻育秧施钾不但能增强钾素营养，且可防治秧苗的胡麻叶斑、褐斑病等病害，以每亩晚稻秧田施氯化钾8kg左右作面肥为宜。
