充足的水分对免耕抛秧非常重要，在缺水的条件下，免耕抛秧比常规耕作抛秧亩减产幅度要大得多。免耕抛秧的水分管理要求勤灌浅灌，多露轻晒。抛后要有浅水促进秧苗起身和分蘖，抛后30―40天要进行露田，幼穗分化初期灌浅水施分化肥后保持湿润；抽穗扬花期要有浅水层，后期要防止断水早，影响灌浆结实。
前期水分管理是以泥皮水抛秧和促分蘖。早稻抛后如遇阴雨天气，可排水露田保持湿润，以增加上壤氧气，促新根发生和分蘖。苗数达计划穗数的80％时开始排水露田，此时可考虑补施壮蘖长粗肥，之后多露轻晒；幼穗分化初期灌回浅水，施分化肥后保持湿润。
抽穗扬花期间灌回浅水，以后保持湿润直至收获，收获前5―7天灌跑马水，切忌过早断水，防止早稻后期高温逼熟和晚稻后期谷粒充实不饱满而影响产量。此外，晚稻抽穗期间遇北风或寒露风要灌水防寒。