设施生产由于周年栽培茬次多、利用时间长、施肥量大、轮作困难等，易造成土壤环境恶化，使土壤中盐离子浓度升高，致使蔬菜的产量降低，品质变劣，病虫害加剧。生产上为了永续利用设施，就必须对土壤进行改良。
一、疏松耕作层配合施用有机肥料，逐步加深耕作层，使耕作层深度达到30厘米以上，同时，利用冬耕冻土，夏秋晒伐，促进土壤熟化，保证耕作层疏松肥沃，提高土壤有效肥力。同时，要勤锄划，活化土壤，这样土壤的透气性才好，一般蔬菜定植后，应每隔3-5天划锄一遍，深度以3-5厘米为宜。
二、轮作养地，用养结合实行不同科属蔬菜品种的合理轮作，如将需氮较多的叶菜类蔬菜、需磷较多的果菜类蔬菜和需钾较多的茎菜类蔬菜进行轮作；把深根性的豆类、茄果类蔬菜，同浅根性的白菜、甘蓝、黄瓜、葱蒜类蔬菜等进行轮作，既可充分利用土壤中所含的各种不同养分和不同土层中的养分，又可逐渐改善肥力，减少病菌和有害物质积累的危害。
三、高效施肥
1.增施有机肥这是提高土壤性状十分有效的措施。增施有机肥后，使耕作层水、肥、气、热、菌等因素得到协调统一，不仅为菜苗根系、茎叶生长创造一个温、湿度适宜和肥料齐全的优良环境，更能有效地改良土壤性状。
2.科学施肥科学施肥是降低土壤中盐离子浓度升高和积累的主要措施。施肥要求是：进行土壤分析，根据土壤中养分盈缺和种植作物的种类来确定施肥的种类、比例、用量。要增施有机肥料，全面供给土壤养分。在施用化肥时要多次、少量。要避免施用同一种化肥，特别是含氯或硫化物等副成分的肥料。
3.施用生物菌肥蔬菜经过长时间的连茬种植，土壤中的有害微生物积累，而有益微生物减少。施用生物菌肥后，可以使土壤中的有益微生物增加，这样能起到改良土壤的作用。
四、科学合理浇水应减少大水漫灌对土壤的破坏作用，可采用滴灌，滴灌有保护土壤的作用，它是慢慢地浸润土壤，能避免大水漫灌造成的对土壤表层的冲刷，能有效减少对土壤耕层的破坏。
五、适法消盐
1.以水洗盐：根据盐随水来、盐随水去盐离子在土壤中的运动规律。在农闲季节，揭掉棚室覆盖物，使设施内的土壤接受自然降水的淋洗。在作物生长期内，若发现土壤溶液浓度高时，可增加灌水次数和灌水量，使耕作层中的盐离子随水分下渗到土壤深层；也可将未下渗的水分排到棚室外，以达到以水洗盐的目的。
2.以作物除盐：在夏季种植禾本科作物(如玉米)，可把土壤中无机态氮转化为植物体内的有机态氮，从而降低土壤溶液的浓度。
六、更换设施内的土壤或更换设施地点对容易移动的农业设施(如塑料大棚)每种植3-4年更换一次地块，移动和搭建新大棚；对不易更换地点的温室，每隔4-5年应将耕作层20-30厘米的土壤与肥沃农田耕作层土壤更换一次，以降低设施内土壤中含盐量。