小麦全蚀病的主要防治措施有：
1.严格执行植物检疫制度。小麦全蚀病主要是通过混杂在小麦种子间的病残体远距离传播蔓延的。在旱作麦区的小麦良种繁育田、留种田要严格执行产地检疫制度，发生小麦全蚀病的田块不准作种子用。同时，也不准从发病区调入种子，或病区的种子外调，以防止病情进一步扩展蔓延。
2.农业防治措施：(1)轮作倒茬，可与甘薯、棉花、绿肥、大蒜、油菜等非寄主作物轮作。有条件的地方可实行水旱轮作。(2)选种抗病品种，目前豫北地区推广的小麦优良品种中，新麦9号、豫麦18—64、豫麦41号等品种较耐病，各地可因地制宜选择种植。(3)深翻倒土，增施肥料，小麦播种前，将土壤深翻40cm，以减少土表层菌源量，并结合增施无病菌的有机肥和磷肥，每667m2应施有机肥3~4m3，过磷酸钙50kg。同时，病场土、病麦糠、病麦秸和病麦茬等都不能用于沤肥，如需要时必须进行高温沤制。
3.药剂防治：根据近几年多点试验，筛选出防治小麦全蚀病的最有效药剂为15亿／g蚀敌微粉剂(以下称蚀敌粉剂)。用蚀敌粉剂防治小麦全蚀病，防治后白穗率可降低80％以上，并可兼治小麦纹枯病和小麦根腐病。蚀敌粉剂属生物农药，应大力推广应用。使用方法：(1)拌种，根据病情轻重，每667m2用药50~100g，先将药剂加水0.5~1kg充分搅拌均匀，然后拌麦种7~10kg，晾干后播种。(2)喷灌根部，分别于三叶期、返青期、拔节期进行，每667m2用药100~150g，加水80~100kg，充分搅匀，顺垄喷灌于小麦茎基部。(3)喷灌根部可视病情轻重分别处理，轻病田三叶期可不喷灌。