农业防治：应以增温、控水、放风、降湿为主，不可大水漫灌，减少田间结露；摘除病果、病叶，注意要用塑料袋套住病果、病叶后，方可摘除，以免操作不当散发病菌，传播病害，特别是番茄拉秧后要彻底清洁田园，栽种下茬作物前彻底消毒一遍，防止灰霉病菌侵染下茬作物。
在连阴雪天气时喷药防病应改轮换熏药。连阴雪天气下棚内湿度本身就很大，如果为了防止病害发生，而采取喷施药液的方法，一是会进一步提高棚内湿度，反而加重病害发生；二是喷药后，番茄嫩叶易中药害，得不偿失。改喷药为熏药，不仅可避免喷药后造成的不良影响，而且针对番茄灰霉病病原孢子量大的特点，喷药易扩散病原菌孢子，防病效果差。采取熏药防病可选用百速烟剂、灰霉菌核一遍净，熏蒸时间为7-8个小时，5-7天一次，轮换用药，避免病原菌产生抗药性，从而提高药效。
晴好天气，在番茄灰霉病发病初期进行化学防治，用药如下：50%速克灵1000倍液，50%扑海因1000倍液，万霉灵800倍液，40%施佳乐悬浮剂1200倍液，65%甲霉灵可湿性粉剂1000—1500倍液，菌核净800倍液，75%甲基托布津800倍液，45%特克多悬浮剂3000倍液，60%防霉宝超微粉剂500倍液，2%武夷菌素水剂150倍液，以上药剂交替使用，每5天1次，连续喷洒2—3次。