番茄的种子表面和内部若带有番茄早疫病、病毒病等病菌，带菌的种子会传染给幼苗和成株，从而导致病害的发生，因此，在育苗前要进行种子消毒处理。番茄育苗时常用的消毒方法有热水浸种和药剂消毒两种：
（1）热水浸种
热水浸种先将种子于凉水中浸10分钟，捞出后于50℃水中不断搅动，随时补充热水使水温稳定保持50-52℃，时间15-30分钟。将种子捞出放入凉水中散去余热，然后浸泡4-5小时。
（2）药剂消毒
药剂消毒有：磷酸三钠浸种，将种子先浸在凉水中4-5小时，捞出后放入10%的磷酸三钠溶液中浸泡20-30分钟，捞出用清水冲洗干净，主要预防病毒病；福尔马林浸种，将浸在凉水中4-5小时的种子，放入1%的福尔马林溶液中浸泡15-20分钟，捞出用湿纱布包好，放入密闭容器中闷2-3小时，然后取出种子反复用清水冲洗干净，主要预防早疫病；高锰酸钾处理，用40℃温水浸泡3-4小时，放入1%高锰酸钾溶液中浸泡10-15分钟，捞出用清水冲洗干净，随后进行催芽发种，可减轻溃疡及花叶病的危害。