近年来，随着大蒜种植面积的扩大，耕作制度及栽培生态环境不断变化，大蒜植株的抗病性也逐年降低，大蒜病害造成的损失越来越大。尤其是新病害的不断出现，某些病害甚至呈急剧上升趋势，更加剧了对大蒜的危害。大蒜病害对大蒜的危害一般损失率达20％～30％，严重年份及地块可以达到50％以上，甚至更高。目前我县大蒜病虫害主要有蒜蛆、叶枯病及锈病等
1、蒜蛆：以幼虫危害播后的种子，取食胚乳或子叶，引起种芽畸形、腐烂而不能出苗。或从幼苗根部蛀入，向上蛀空幼茎，使幼苗死亡。较大的植株受到种蝇危害，虽不一定死亡，但明显矮化，而且易受其他病菌侵害而发病。在留种株上危害根部，引起根部腐烂或枯死而造成减产。田间发现蛆害植株时，可用80％的敌敌畏乳油800倍液、或50%的辛硫磷乳油600倍液灌根防治，雨前灌根效果更佳；也可于成虫羽化盛期，喷洒2.5％溴氰菊酯乳油或20％氰戊菊酯乳油3000倍液或50％辛硫磷1000倍液，均可杀灭成虫，喷药以中午前后成虫活动盛时效果最佳。
2、大蒜叶枯病：大蒜叶枯病是蒜区大蒜上最严重的病害之一，一般年份损失10％以上，严重时可达60％左右。该病主要为害叶片和蒜薹，严重时病叶干枯，蒜薹不能抽出，或抽出时从病部折断，颜色黄白。该病主要危害叶片、叶鞘。叶片染病分二种类型，一是尖枯型。主要发生在初侵染阶段，叶尖呈深褐色，并在其上形成许多深紫褐色斜状平行的斑纹。严重的病斑扩展到全叶的1/3—4/5或全叶干枯死亡；二是叶斑型，发病初期在叶片上出现短条状小型的浸蚀斑，略凹陷，后病斑迅速扩大，变为梭形至长椭圆形，组织坏死，凹陷，多为紫褐色，中央色较深；叶有的呈乳白色。大流行时经10—15天全田枯死。防治叶枯病可与发病初期喷洒50%速克灵可湿性粉剂1000倍液，50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液，50%多霉灵（多菌灵．万霉灵）可湿性粉剂1000倍液，隔7—10天再喷一次，连续防治2—3次。
3、大蒜锈病：大蒜锈病每年均有发生。常年发病株率为10％以上，发生重的年份可达80％以上。该病主要为害叶片，其次为害假茎；病株蒜头明显变小，易开裂散瓣，商品价值明显降低。防治大蒜锈病，一般选用15％粉锈宁可湿性粉剂1000倍液，或15％粉锈宁可湿性粉剂1500倍液加70％代森锰锌可湿性粉剂1000倍液兑水喷雾防治，一般视病情防治2～3次。